健康で身体が丈夫な者でも、マラリアにかかると衰弱する。１９４２年に東部ニューギニアで戦闘をしていた日本軍兵士は、身体的な消耗と栄養不良や予防手段の軽視が原因で、多数の兵がマラリアにかかって死亡し、部隊の戦闘能力が極度に低下した。マラリア感染はほとんどの部隊で発生したが、作戦当時は医薬品の供給が限られ、治療のために訓練された要員も不足していたため、マラリアによる死亡率が異常に高かった。

南海支隊指令本部はマラリアの危険性を認識していたので、部隊のラバウル出発を前にした１９４２年７月１６日に、次のような命令を出した。

マラリア防止に関しての覚書（英文原文より翻訳） １. 南海支隊発令の「マラリア感染防止法」の第１号命令に則り、マラリア防止用内服薬は上陸２日前から服用すること。（毎夕食前に硫酸キニーネ剤一錠、１０日ごとにプラスモキン剤一錠を服用すべし）この薬の服用は必ず守ること。（服用を監督する担当者を選ぶべし） ２. 前線部隊に対して、マラリア防止用医薬品の配布の重要性を強調するべし。１０日から２週間分の薬剤を配るが、人員の三分の一を治療するとして３０日分の薬剤が必要となる。（原文ママ翻訳） ３. すべての人員に対して十日分のマラリア防止用内服剤を配布するべし。（硫酸キニーネ剤１０錠及びプラスモキン剤一錠）各分隊長は薬剤の配布をうけ、保管すべし。以後２０日間分の薬剤は各部隊長が保管し、１０日分ずつ配布すること。
４. 蚊除け軟膏（一人当たり２個ずつ配布）と蚊取り線香は必ず使用すること。 ５. （マラリアや他の伝染病防止のために）徴用原住民たちを宿泊所から離て収容すること。

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